審計署審查受政府資助的心理衛生會，發現機構持續出現部分行政問題，包括無每年盤點固定資產，在活動結束後無適時審查財務報告等。心理衛生會有部分會議，亦被發現不足法定人數，有執委連續11次缺席會議，但無紀錄顯示已獲執委會批准。審計署又指，非政府機構要預留一筆款項，履行整筆撥款制度前聘請員工的合約承諾，但審計署發現相關員工數目近年已經減少，相關帳戶結餘仍維持在4820萬元，認為儲備管理有可改善的地方。
審計署亦關注心理衛生會人手短缺，專職醫療人員和護士空缺率，5年間由7%增至15%。在疫情下，機構亦有較多服務的成效未能達標，審計署認為疫情影響機構服務是在所難免，但隨著服務逐步復常，機構應在盡力達到成效標準。