荃灣聖芳濟中學有學生，因舉行升旗禮時不願返回課室，受到校方停課處罰，教育局回覆查詢時表示，得悉事件後已即時向有關學校了解情況。已提醒學校按相關指引處理有關事宜，並要求學校提交報告，會繼續與學校保持密切聯繫，提供適切的意見。
對於有學生稱，被校方指有關行為違反國安法，教育局表示，學校應教育學生有關升國旗儀式和奏唱國歌的禮儀，如有學生做出不尊重國旗及國徽的行為，學校應立即跟進。校方亦應以合情、合理和合法的方式處理，以期讓學生作出改善。教育局又指，一直透過學校探訪及與學校的日常接觸，了解學校升掛國旗和舉行升國旗儀式的情況，並按需要向學校提供建議及支援。