政府表示，首階段通關下，同時持有「港澳通行證」和「香港身份證」的人士，如經深圳灣口岸、文錦渡口岸和落馬洲口岸過關，只可選擇用同一證件出入境。如選擇使用「港澳通行證」，前往內地時毋須預約，返港時就須透過深圳市政府轄下的網上預約平台預約過關；如選擇以「香港身份證」前往內地，就須透過政府轄下的網上預約平台預約過關，返港時毋須預約。北上前往內地的內地居民、南下前往香港的香港居民，和經香港北上後返港的外地旅客除外。