環保署回應有團體質疑，署方有條件批准新田/落馬洲發展樞紐環評報告，指環評研究概要已涵蓋所有需要評估的環境課題，並且符合所有相關要求；又指環評研究範圍內已有大量及持續的生態資料，都已被適當納入環評研究的考量。環評報告亦已根據要求，按「避免」、「抑減」和「彌償」的優先次序原則，例如避開拉姆薩爾濕地。

同時，環評報告建議透過劃定非建築用地及嚴謹的建築物高度限制；保留300米闊的雀鳥東西飛行廊道；為米埔隴村鷺鳥林保留70米闊的飛行路徑，足以滿足作為鷺鳥飛行路徑，指現時本港十大鷺鳥棲息地屯門公園屯門河的雀鳥經常飛行廊道，闊度亦只有75米。報告亦根據區內發現水獺糞便的文獻記錄，假設有水獺出沒，提出建立10米闊的地面生態走廊，及在主河道的堤壩和水閘位置增設水獺專用梯子或繞路等。

署方又指，環評報告建議採取多種措施，提升魚塘濕地的生態功能及承載力。而香港觀鳥會網頁指出，單靠調降魚塘水位已可將雀鳥數目提升多達19倍。現時環評報告只保守假設提升45%，已足以彌補因發展新田科技城所造成的生態影響。環評報告亦已針對施工期間的潛在生態影響，訂定緩解措施，包括分階段於非候鳥出沒的季節進行施工。同時，在擬議的生態友善魚塘建造工程展開前，不會展開填塘工程。