青衣津校明愛聖若瑟中學，被指與內地機構「新東方香港教育」合作招生。校長張美美早前在內地社交平台小紅書接受訪問時，聲稱學生可以一條龍直升聖方濟各大學，學生完成中文文憑試DSE課程時，可同步完成聖方濟各大學的文憑課程。
聖方濟各大學回覆查詢，指大學與明愛聖若瑟中學沒有優先取錄協議，大學對所有入學申請者一視同仁，成績必須符合申請課程的入學要求，並按既定入學程序處理。
明愛聖若瑟中學在學校網頁發聲明澄清，指校方從未授權、亦未與網上流傳的內地補習機構簽署任何辦學或收生協議，強調學校對任何入學申請均一視同仁。