保安局向立法會申請撥款16.6億元，進行皇崗口岸重建後，港方口岸清關設施等工程。在立法會工務小組，保安局副局長卓孝業指，口岸整體建造工程將由深圳市政府承擔，並以象徵式1000元租予港方，今次申請的撥款，主要是與深圳口岸「合作查驗」模式的一半費用，以及大樓內港方部門的日常設備。

有議員關注新皇崗口岸容量，及「合作查驗」模式的港方資料保安工作。卓孝業指，新皇崗口岸設計已提升至可容納20萬人次及1.5萬車次，節慶日子亦有機制配合增加人手。他又指，「合作查驗、一次放行」不存在港深交換資料，市民掃描證件後，資料會交由港深雙方各自清關，不存在資料外送。

選委界陳紹雄關注，局方將撥款的約一成用作應急費用，關注現時已由深方負責主體工程，有關預留費用是否太多。卓孝業指，皇崗是採用「合作查驗」模式的重要口岸，希望預留約一成費用以備不時之需，若日後有剩餘，亦會交回庫房。