李慧琼當選立法會主席後，辭任政府愛國主義教育工作小組組長，即時生效。政府指，將委任新的工作小組組長，並於稍後另行公布。
政務司司長陳國基感謝李慧琼領導小組工作，就推展愛國主義教育、提升市民的愛國意識和情懷等相關事宜，向政府提出寶貴意見，對工作小組的工作貢獻良多。