有市民在社交平台上載片段，指日前乘坐一輛由灣仔開往屯門的49S通宵專線小巴，滿座後司機仍然給多4名乘客上車企位。運輸署回應表示，正跟進調查懷疑有司機在嚴重超載下駕駛，非常關注並強烈譴責涉嫌違法行為，嚴重威脅道路和乘車安全。案件會轉交警方跟進。違例司機最高可罰款5000元及監禁3個月。
署方已即時向有關小巴營辦商發出警告，責成嚴謹監察轄下司機的行為，並即時採取修正措施及提交報告，確保服務合法合規，以及駕駛和行車安全。署方會召見有關營辦商，並加強實地及登車調查，如發現任何違規情況，會嚴肅跟進；並提醒司機及乘客，超載可能違反第三者風險保險條款，絕不應超載乘客，市民亦不應登上已滿載的車輛。