港鐵表示，為配合東涌綫延綫工程，本周日收車後，會進行信號系統更新，之後會進行系統及列車動態測試，預計往香港方向的東涌綫列車，會在今年的下半年可以行駛新的路段，整體的行車時間會和現在大致相若，之後工程團隊就會將舊的路段拆除，騰出空間去做往東涌方向的路段工程，目標維持2029年完成將東涌綫延長至東涌東和東涌西兩個新車站，服服務北大嶼山一共約30萬人口，完善當區鐵路網絡。

港鐵指，更新的新信號系統，是整個系統其中一個子，用作自動列車監控，主要負責實時中央監控和列車調動，是整個東涌綫沿線項目一個關鍵工程，新系統可以讓延綫新增2個車站的列車，可以更順利地進入東涌線新路段，而周日將同時將系統的硬件和軟件一次過更，團隊在過去一年完成了一系列的安全和可靠性的測試，已通過相關政府部門的安全和良好運行的審批，確保第二天頭班車開始，東涌綫和機場快綫會維持正常列車服務，並已有措施即時處理突發情況，減低影響 。