運輸署在網站公布新皇崗口岸的公共交通安排，包括7條巴士線和6條專線小巴路線。7條巴士線票價介乎10.5元至27.6元，其中九巴營辦2條日間路線，B10連接口岸至青衣和葵芳，B11行經元朗和天水圍。九巴亦會營辦通宵路線NB73，行經上水、大埔和沙田。

另外3條巴士線由城巴營辦，B13服務範圍包括北角、西灣河和柴灣等；B14連接口岸至啟德；B15行經洪水橋、屯門青山灣等，只在周六、日和公眾假期提供服務。餘下一條巴士線是嶼巴營辦的B12，行經大埔、科學園、馬鞍山和烏溪沙。

至於6條小巴路線，其中3條日間路線，分別前往屯門站、屯門碼頭和八鄉路，收費介乎9.7元至15.7元；3條通宵路線分別前往天水圍、屯門碼頭和旺角，車資介乎14.6元至28.5元。另外有5條短途跨境巴士線，往返口岸至旺角、油尖、觀塘、灣仔和荃灣。

的士方面，新皇崗口岸設有市區和新界的士站，亦設有預約的士車隊專屬停車處，但不設非的士車隊預約服務上客點。

運輸署指，由於空間所限，口岸不設公眾停車場，呼籲旅客利用公共運輸服務。