特區政府在警察總部，為新皇崗口岸港方口岸區舉行跨部門桌上演練，以模擬實際情境為基礎，針對口岸投入運作後可能出現的安全事故及緊急情況，包括極端天氣、供電系統故障、聯檢大樓內火警、新連接橋或公共運輸交匯處發生嚴重交通意外、入境旅客懷疑患有高度傳染性疾病等。參與的政策局和部門亦就應急處理方案、跨部門溝通機制和協同決策流程，展開情境分析和應變預案討論，包括保安局、運輸及物流局、警務處、消防處、入境處、海關、機電工程署、建築署、政府產業署、衛生署、運輸署等，保安局局長鄧炳強到場視察；深圳方面亦派代表線上交流，加強兩地單位的通報和協調機制。
政府表示，會持續做好風險管理，確保口岸正式開通時運作暢順有序。