保安局局長鄧炳強表示，皇崗口岸開通至今，平日日均有超過8.6萬人次出入境，較以往落馬洲管制站增加超過一倍；周末及假期更有近14萬人次。
鄧炳強書面回覆立法會議員質詢時指，皇崗口岸運作暢順有序，通關效率達到預期；旅客使用「合作查驗」自助通道，在絕大部分時間輪候均不多於5分鐘；而在繁忙時段，入境處會提早啓用全部自助通道及傳統櫃枱，平均輪候時間亦少於15分鐘。他指初期有個別旅客未熟悉新查驗模式的規定及程序，包括未有預先完成港方登記及內地快捷通道信息採集備案等，入境處已加派人手協助。
鄧炳強又指，皇崗口岸已預留接駁北環線支線的旅客出入境大堂，北環線支線將連同主線，於2034年或之前同步開通，屆時將配合「一地兩檢」安排，直通港深地鐵網絡。