審計署發表報告，批評零九年東亞運動會超支一倍，原本預算成本一億二千三百萬元，但最終要二億五千五百萬；比賽場地的臨時工程實際開支達四千八百萬元，較預算多超過六倍；而門票收益就較預算少六成，免費嘉賓門票入座率只有兩成二。港協暨奧委會會長霍震霆否認東亞運超支，指除了立法會撥款一億多元外，東亞運營運公司另外籌得一億五千萬元，最後錄得三千萬盈餘，當中約一千多萬已歸還政府，另外一千多萬撥給體育發展基金，對於審計署不滿無將盈餘全數撥給政府，他指，部份東亞運的贊助商認為，贊助並非向政府提供捐獻。