東京馬拉松組委會表示，針對新型冠狀病毒疫情，在報到和比賽當天，將向有需要的選手派發口罩，並呼籲選手參賽前應先測量體溫，根據健康狀態去認真判斷是否能夠參加比賽，有發燒、咳嗽等症狀的選手就不要參賽。在比賽當日，會場多處會配備消毒液，終點區域會派發除菌濕紙巾，同時賽會會調整補給站派發的食物種類。
今年的東京馬拉松下月1日舉行，有3.2萬人報名，當中包括1800名來自中國的選手，大會指無法參賽的中國選手，可以將參賽資格保留到明年。