東京殘奧會晚上在新國立競技場舉行閉幕禮。先播出影片，感謝參與賽事的選手、工作人員和義工，能令今屆殘奧在困難的情況下順利閉幕。典禮開始後，有殘障音樂家在舞台表演，多名殘奧日本代表隨後持日本國旗進場，並奏起日本國歌。各代表隊持旗手陸續持本國或地區旗陸續進場，港隊代表是在男子羽毛球SH6級單打取得銀牌的朱文佳。國家隊就由女子輪椅籃球運動員張雪梅任持旗手。其餘殘奧運動員和教練支援人員等早在場內就座。

閉幕禮以「和諧的雜音」作為主題，在健全和殘疾表演人員的配合演出下，在拉起東京晴空塔的模型，同時配有歌舞煙火表演，比喻殘奧會在和而不同的差異下，帶出每個人的閃耀個性。大會亦頒發多個表彰為殘奧會作出特殊貢獻的獎項。

經過運動員進場及表演後，進行國際殘奧委會會旗交接儀式，會旗降下後，先由東京都知事小池百合子，交給國際殘奧委會主席帕森斯，他再交給下屆主辦城市巴黎的市長伊達爾戈。東京奧組委主席橋本聖子致詞，感謝所有參與的人，形容參賽選手的驚人表現令人動容，又高興奧運會和殘奧會成功舉行，能體現大型運動會的價值，並祝願下屆主辦城市巴黎能順利舉行。國際殘奧會主席帕森斯正式宣布殘奧會結束，特別感謝東京和日本人民的熱情款待，在重重困難下為選手提供比賽的機會和場地。

場內之後再奏起法國國歌，並播出巴黎殘奧會的表演片段，片段亦顯示大批當地民眾去到艾菲爾鐵塔一帶聚集。到閉幕禮尾聲， 播出名曲「What A Wonderful World」後，場內聖火亦隨之熄滅，並展示「2024巴黎殘奧再見」字句。