繼英美加和歐盟後，日本外務省亦關注中國和菲律賓近日在南海的衝突。中方表示強烈不滿和堅決反對，向日方提出嚴正交涉。駐日本使館批評日方散佈指責中國、偏袒菲律賓的錯誤言論，重申近期黃岩島和仁愛礁海域多次發生緊急事態，責任完全在於菲方違背自身承諾、違法侵權在先，導致局勢緊張升級的從來不是中方。日本不是南海問題當事國，卻出於一己私利，對中方正當合法的海上維權執法行動說三道四，為菲方侵犯中國主權撐腰打氣，在涉海問題上搬弄是非，有關做法直接違反《聯合國憲章》宗旨和原則，加劇地區緊張局勢。
發言人批評，日本曾侵佔中國西沙群島和南沙群島，更應反躬自省、謹言慎行；敦促日方立即停止攻擊抹黑中國，停止慫恿對立對抗，不要對南海和平穩定造成進一步損害，不要對中日關係改善發展帶來新的干擾。