有團體引述匿名信，指機場第三條跑道填海工程採用劣質物料，擔心造成污染。在立法會跟進三跑工程的委員會上，機管局指經檢視後認為指控並無事實根據，指承辦商有責任確保填料符合要求，機管局亦在每一次填料運送到填海區時，都有進行測試，現時已測試的八百個樣本，全部都符合技術測試和環境要求，現行的水質檢測，亦未發現工程出現問題。
收到匿名信的議員朱凱廸說，信件附上碎石粉的運輸單據，並註明用於三跑工程，每噸單價只需三十元，較海沙便宜很多，要求機管局交代承建商購買填海物料的價格資料。機管局說，沒有要求承建商必需要使用海沙，只要符合標準的石粉都可以使用，但物料價格屬商業敏感資料，不便公開。