奧運馬術賽在港舉行期間，衛生防護中心會加強監察十種症候群，例如發燒、腸胃炎及皮疹等，以及早發現不尋常傳染病。中心亦印製了六萬份健康教育宣傳單張，在機場及選手入住的酒店派發。

醫管局亦會在兩個比賽場地，以及三間運動員及各地代表團入住的酒店，提供廿四小時醫療服務。賽事舉行期間，亦會在比賽場地、危險跳點，及前往賽場的交通交匯處，派駐醫療隊。威爾斯醫院會為救治運動員的指定醫院，伊利沙伯醫院就會專門醫治工作人員，北區醫院作為後備。