因應本港確診首宗Ｈ１Ｎ１甲型流感，港鐵已加強車站及車廂清潔。羅湖、落馬洲、紅磡及機場車站的職員都已戴上口罩，而車站由每四小時清潔一次，加密至兩小時一次，而列車抵達總站後亦會用１：９９的清潔劑清潔，亦會廣播提醒乘客要注意個人衛生。港鐵已成立由車務總監擔任主席的委員會監察情況，如果有需要會加強清潔措施。