農業部在部分省市抽查豆芽化驗，發現遼寧瀋陽、山東濟南及新疆烏魯木齊，都有經非法浸泡或加工的豆芽。其中烏魯木齊的問題豆芽，亞硝酸鹽含量超標一倍，尿素超標兩倍；瀋陽亦在多個加工點拘捕三十多人，檢獲超過五十五噸問題豆芽，又揭發不法商人將違禁化學物賣到其他省份，用來浸泡豆芽。亞硝酸鹽常存在於熟食及醃製食品，若用來浸泡豆芽，可以令豆芽色澤鮮亮及延長保鮮期。部分農戶亦可能在發豆芽時，大量使用化肥，令豆芽內的硝酸鹽含量大增，進入人體經細菌分解，成為亞硝酸鹽。