國務院提請人大，審議機構改革和職能轉變方案，建議不再保留鐵道部，實行鐵路政企分開，將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責，劃入交通運輸部。組建國家鐵路局， 由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責；組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責。方案亦建議，重新組建國家海洋局，以中國海警局名義開展海上維權執法，接受公安部指導。組建國家食品藥品監督管理總局，承擔國務院食品安全委員會的具體工作。衛生部與國家人口和計劃生育委員會，組建成國家衛生和計劃生育委員會。重新組建國家能源局，同國家電力監管委員會的職責整合。國家廣播電影電視總局和國家新聞出版總署，就組建成國家新聞出版廣播電影電視總局。