國務院提請全國人大，審議機構改革和職能轉變方案，推進大部門制改革，實行鐵路政企分開，整合加强衛生和計劃生育、食品藥品、新聞出版和廣播電影電視、海洋、能源管理機構。方案建議，不再保留鐵道部，將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責，劃入交通運輸部。組建國家鐵路局， 承擔其他行政職責；組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責。國務院方案指，中國鐵路發展，存在政企不分、與其他交通運輸方式銜接不暢等問題，為了推動鐵路建設和可持續發展，保障鐵路營運秩序和安全，充分發揮各種交通運輸方式的整體優勢和組合效率，有必要實行鐵路政企分開，加快推進綜合交通運輸體系建設。