菲律賓總統府發言人指，海岸警衛隊已經就槍殺台灣漁民的事件展開調查，涉及的十一名海岸警衛隊員已經被停職，但就指不意味他們有罪，而是為了確保能夠進行透明、公正和客觀的調查。

菲律賓海岸警衛隊早前公開承認是他們隊員槍擊台灣漁船，但拒絕道歉，只是對遇難漁民的家屬表示同情；又指責台灣漁船試圖撞擊菲方船隻，菲海岸警衛隊開槍是對台灣漁船挑釁行為的回應。台灣的總統馬英九就指，菲律賓未有拿出誠意態度，絕對不能夠接受。重申要求菲方就事件道歉，並且追究涉案人員的責任和作出賠償。