審計報告發現，機電工程營運基金欠缺系統管理，十六年來未有按指示，將收費和商業水平看齊，而且基金承接工程，亦只是局限於政府部門和半官方機構。多個政府部門，亦無進行競爭性招標，就直接將機電服務，批給機電工程營運基金。
另外，審計報告又發現，機電署向原本不獲發超時工作津貼的非公務員合約僱員，發放共二千二百萬元的超時補水。而機電署位於銅鑼灣的總部，在零五年遷到啟德後，銅鑼灣的用地預計要到今年五月才能交出，較原定時間遲了十年。