有報道指，繼高鐵後，港鐵南港島線東段工程亦可能出現延誤，港鐵回應表示，仍以2015年作為完工及通車目標，項目的整體工程已完成超過六成，而金鐘站的挖掘工程現時正進行至第四及第五層，又表示車站擴建工程面對不同的困難，個別工程中有不同程度的滯後。至於南風隧道，港鐵表示已完成約七成半的爆破工程，預計於今年第三季完成。但南港島線東段確實的開通日期，仍需等待相關土木工程及主要鐵路系統進一步完成後，才能確定。
立法會鐵路事宜小組委員主席田北辰擔心港鐵為追趕高鐵工程，將人手及資源集中在高鐵，阻延其餘路線。他批評港鐵好大喜功，把有資深工程人員調到外地起鐵路，而非先解決香港的鐵路問題。