中央圖書館被指不當棄置藏書，申訴專員主動調查公共圖書館，在採購和註銷圖書館資料的準則和程序。初步調查顯示，康文署既定機制的部分準則和程序訂立多年，有待探討是否切合社會情況，以及採購和註銷圖書，應如何配合。申訴專員劉燕卿表示，康文署有責任制定清晰準則和程序，並不時檢視，若因機制問題令公眾權益受損或不善用公共資源，不但可惜亦有負公眾期望。康文署回應指，歡迎並會配合申訴專員調查。指公共圖書館不時檢視機制，制定每年館藏計劃，確保善用資源及與時並進。
早前有報道指，數百個貼有中央圖書館封條的紙皮箱，棄置行人路，內藏過萬本外表新淨的被註銷書籍，質疑康文署不環保。亦有市民向申訴專員公署投訴。