食物及衞生局首席助理秘書長梁嘉盈在立法會一個小組委員會表示，新建的兒童醫院會由醫管局管理及營運，預計今年第四季分階段投入運作，會集中處理複雜、嚴重和不常見的兒科疾病個案，服務十八歲以下的病人。
民建聯蔣麗芸關注，兒童醫院與醫管局現有十三個兒科部門如何分工。兒童醫院行政總監李子良回應說，醫管局會先調配三十二名現有醫院的腎科、癌症和心臟科醫生到兒童醫院，相信新安排對地區醫院的影響最低，而當局亦會制定相關轉介指引，確保兒童接受到統一的治療。