審計報告發現政府推展八號幹線沙田段工程時，處理合約爭議的方法不當，路政署在未有徵詢財經事務及庫務局的同意下，與其中一個承建商達成共識，支付2.73億元解決工程爭議，而且路政署與工程顧問的溝通亦有問題，令人誤以為荔枝角高架道路的設計，已考慮施工和架設的荷載。審計署亦發現，工程當中尖山隧道的部份，由於初期工地勘測工作不足，以致要額外為3個斜坡進行工程，招致的額外工程費達到3450萬元。審計報告又揭露，政府草擬沙田嶺隧道和引道的工程合約時出錯，令承建商提供的支援期由9個月，縮短至7個半月，審計署指如果政府能審慎行事，就可以避免錯誤。
審計署認為，政府日後推展工程時，在工程重要位置進行更詳盡的初步工地勘測，並要加強審核顧問設計，與承建商或顧問展開談判前，應先就談判策略和底線，徵得當局同意。