港鐵指，高鐵香港段西九龍站B4層之下，設有一層後勤通道，標示為B5層，有關樓層只供支援車站維修及作為消防緊急通道使用，不屬內地口岸區範圍。港鐵說，有關樓層由港鐵作為高鐵香港段營運商負責管理，亦並非乘客使用的區域。
立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰指，路政署前年9月提交的文件曾經提及這個樓層，但當時並無解釋用途，議員也沒有追問，他不認為當局刻意隱瞞，指有關樓層是方便香港的人員維修路軌時，不用經過屬於內地口岸區的月台範圍，免卻多次出入境的麻煩。