國務院提請人大，審議機構改革和職能轉變方案，推進大部門制改革，實行鐵路政企分開，整合加强衛生和計劃生育、食品藥品、新聞出版和廣播電影電視、海洋、能源管理機構。方案建議，不再保留鐵道部，將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責，劃入交通運輸部。組建國家鐵路局， 承擔其他行政職責；組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責。國家海洋局，以中國海警局名義開展海上維權執法，接受公安部指導。衛生部與國家人口和計劃生育委員會，組建成國家衛生和計劃生育委員會。