內地今日起接受港澳台居民申請居住證，台灣陸委會對措施提出一連串質疑，指居住證是「名為惠台，實質利中」的統戰措施，具有將台灣「內國化」的政治圖謀。陸委會質疑，大陸新修訂的個人所得稅法中，需繳交全球收入所得稅的居留期間，與居住證申領要求，同樣是半年以上，並非大陸國台辦所指無對應關係，認為持有居住證的台灣人可能會增加稅務負擔。申領居住證需要提供指紋資料，可能會令居於大陸的台灣民眾受到更多監控。
陸委會呼籲台灣民眾避免立即申請居住證，要先關注使用情況避免影響自身權益。台灣當局正研究，實施申報登記制度，亦會考慮對申領者擔任重要公職或參政權益，採取必要適當管制措施。當局亦會檢視，居住證持有人納稅及在大陸享有的社保福利，與台灣社會資源有無重複或相斥。